L’area archeologica di San Pietro, ubicata alla punta estrema del basso promontorio occupato dalla Città Vecchia di Bari, è uno dei siti archeologici più importanti di Bari, insieme all’adiacente complesso conventuale di S.Scolastica, futura sede del Museo Archeologico di Bari.

Sull’area insisteva un grande complesso monumentale, costituito da una chiesa, attestata almeno a partire dal XII secolo con il titolo di S. Pietro maggiore, e dal convento realizzato nel XV secolo, che fu più volte riutilizzato e da ultimo adibito ad Ospedale Consorziale.

L’improvvida ed intempestiva demolizione del complesso, avvenuta nel 1969 (ad esclusione di parte del chiostro quattrocentesco), a seguito dei gravi danni subiti durante la seconda guerra mondiale, determinò la creazione di uno dei pochi spazi aperti della Città Vecchia di Bari, in un tutt’uno con l’omonima piazza adiacente.

Il sito è connotato da un deposito archeologico pluristratificato di circa quattro metri di spessore, in cui al paleosuolo del villaggio protoappenninico si sovrappongono i resti dell'abitato indigeno peucezio, della città romana, della chiesa medievale e, infine, le strutture di fondazione del convento e degli edifici successivi che lo hanno inglobato.
Dopo le indagini di scavo svolte nel 1912 da Michele Gervasio (allora direttore del Museo Archeologico della Provincia di Bari) e i saggi di scavo svolti negli anni ottanta del secolo scorso, la Soprintendenza per i Beni Archeologici della Puglia ha avviato le prime indagini sistematiche nell'area nel 2005.
Sono state allora messe in luce alcune strutture superstiti dell’edificio di culto identificabile con il S. Pietro delle fonti, in particolare la fondazione della facciata e parte della navata settentrionale con la pavimentazione a grandi tasselli e lastrine calcaree, caratteristica di edifici religiosi altomedievali e medievali a Bari e in terra di Bari.
L’indagine di scavo è stata riavviata nel 2012 nell’ambito del progetto generale per la realizzazione del Museo Archeologico, che prevede il recupero e l’adeguamento funzionale del monastero di S. Scolastica e la fruizione e valorizzazione dell’adiacente area archeologica di San Pietro.

I nuovi saggi di scavo sono stati finalizzati in primo luogo ad acquisire ulteriori dati sulla chiesa di San Pietro, definendone l’estensione e la planimetria in rapporto alle sue diverse fasi, quella medievale, quella quattrocentesca e quella seicentesca.