Documenti medievali del codice diplomatico barese parlano di un Hospitium con contigua chiesa dedicata a S. Antonio abate. Questo Hospitium dei Cavalieri del Tau dipendeva dal grande Ospizio dei pellegrini ubicato a quel tempo presso la Basilica di S. Nicola.

All'interno del bastione di S. Antonio sono rimaste le tracce di un'antica chiesa consacrata inizialmente a S. Nicola in porto, già ricordata in un documento di archivio del 1178, e successivamente dedicata a S. Antonio abate, quando, l’edificio religioso esistente sull’isolotto del “Monterosso” posto difronte alle mura della città, fu abbandonato per ragioni di sicurezza o molto più probabilmente per il bradisismo che portò ad un progressivo abbassamento della linea di costa di circa un metro (fig. 1).

Risale al 1359 la prima citazione di una torre di Sant'Antonio, situata presso il porto dell'epoca. Sottoposta a frequenti tempeste, la torre minacciava di rovinare e danneggiare il fondaco e la dogana della città.
Di una vera struttura fortificata inglobata nelle mura della città, si inizia comunque a parlare nel 1440, quando il principe di Taranto e duca di Bari Giovanni Antonio del Balzo Orsini, di cui è visibile lo stemma piuttosto deteriorato posto sull'archivolto dell'ingresso prospiciente il mare, ne ordinò la costruzione. Nel 1463 il fortilizio venne distrutto, ed il materiale recuperato, pietre ed armamento, fu diversamente utilizzato.

Tra il 1501 ed il 1524 Isabella d'Aragona, madre di Bona Sforza, si adoperò affinché la costruzione riacquistasse il suo aspetto originario (fig. 2). La funzione del bastione corrispondeva all'esigenza di protezione dell'accesso al porto che sicuramente a partire dal XV secolo assunse particolare importanza rispetto agli altri approdi, come dimostra l'impianto planimetrico che è relazionato sia alla retrostante cortina muraria sia alla presenza allungata del molo.

La capacità di fuoco era assicurata da due ordini di cannoniere: la più alta, a quota via Venezia, batteva con tiri frontali la zona circostante di mare, mentre la più bassa batteva con tiro radente la cortina muraria sui lati Nord e Sud assicurandone il fiancheggiamento.

Gli anni che vanno dal 1560 al 1578 vedono l'aspetto del fortilizio simile a quello odierno. Alla seconda metà del settecento risale il rifacimento del prospetto su via Venezia, che a guisa di fondale contiene due grandi nicchie realizzate per contenere due lapidi; la prima, datata 1756, ricordava le ristrutturazioni delle mura, la seconda del 1762, descrive i restauri del porto, voluti da Carlo III di Borbone.

Andato successivamente in rovina, il Fortino, come oggi è chiamato dai Baresi, è stato definitivamente ripristinato nelle sue linee architettoniche a cura del Comune e della Sovrintendenza ai beni culturali, con interventi iniziati nel 1994 e conclusi nel 2000.

Oggi, il "Fortino" di Sant'Antonio, di proprietà del Comune di Bari, è gestito dall'Assessorato alle Culture, Marketing Territoriale e Sport che, per mantenere in vita e far apprezzare dal pubblico barese le ricchezze della città, la utilizza per realizzare mostre, dibattiti ed incontri pubblici